MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

All Coding Repeats of Treponema pallidum subsp. pallidum str. Chicago chromosome

Total Repeats: 20636

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_017268	TTTG	2	8	237	244	0 %	75 %	25 %	0 %	384421555
2	NC_017268	A	6	6	250	255	100 %	0 %	0 %	0 %	384421555
3	NC_017268	C	6	6	280	285	0 %	0 %	0 %	100 %	384421555
4	NC_017268	TACC	2	8	297	304	25 %	25 %	0 %	50 %	384421555
5	NC_017268	TTCC	2	8	329	336	0 %	50 %	0 %	50 %	384421555
6	NC_017268	GAA	2	6	397	402	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	384421555
7	NC_017268	GCT	2	6	421	426	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	384421555
8	NC_017268	A	6	6	438	443	100 %	0 %	0 %	0 %	384421555
9	NC_017268	ACA	2	6	538	543	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	384421555
10	NC_017268	A	9	9	628	636	100 %	0 %	0 %	0 %	384421555
11	NC_017268	CTT	2	6	658	663	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	384421555
12	NC_017268	CATT	2	8	672	679	25 %	50 %	0 %	25 %	384421555
13	NC_017268	T	7	7	678	684	0 %	100 %	0 %	0 %	384421555
14	NC_017268	AAG	2	6	704	709	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	384421555
15	NC_017268	A	9	9	742	750	100 %	0 %	0 %	0 %	384421555
16	NC_017268	TC	3	6	795	800	0 %	50 %	0 %	50 %	384421555
17	NC_017268	A	7	7	886	892	100 %	0 %	0 %	0 %	384421555
18	NC_017268	TGT	2	6	945	950	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	384421555
19	NC_017268	TTC	2	6	972	977	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	384421555
20	NC_017268	GATA	2	8	1047	1054	50 %	25 %	25 %	0 %	384421555
21	NC_017268	CT	3	6	1062	1067	0 %	50 %	0 %	50 %	384421555
22	NC_017268	TTC	2	6	1078	1083	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	384421555
23	NC_017268	CT	3	6	1084	1089	0 %	50 %	0 %	50 %	384421555
24	NC_017268	TTC	2	6	1121	1126	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	384421555
25	NC_017268	GTT	2	6	1192	1197	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	384421555
26	NC_017268	TC	3	6	1221	1226	0 %	50 %	0 %	50 %	384421555
27	NC_017268	ACT	2	6	1249	1254	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	384421555
28	NC_017268	TGG	2	6	1272	1277	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	384421555
29	NC_017268	A	6	6	1310	1315	100 %	0 %	0 %	0 %	384421555
30	NC_017268	AAAGT	2	10	1370	1379	60 %	20 %	20 %	0 %	384421555
31	NC_017268	AAG	2	6	1660	1665	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	384421556
32	NC_017268	AGCAC	2	10	1683	1692	40 %	0 %	20 %	40 %	384421556
33	NC_017268	A	8	8	1710	1717	100 %	0 %	0 %	0 %	384421556
34	NC_017268	T	6	6	1726	1731	0 %	100 %	0 %	0 %	384421556
35	NC_017268	GCT	2	6	1746	1751	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	384421556
36	NC_017268	T	6	6	1846	1851	0 %	100 %	0 %	0 %	384421556
37	NC_017268	TGT	2	6	1868	1873	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	384421556
38	NC_017268	CAA	2	6	1885	1890	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	384421556
39	NC_017268	GAA	2	6	1914	1919	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	384421556
40	NC_017268	CAAA	2	8	1939	1946	75 %	0 %	0 %	25 %	384421556
41	NC_017268	AGG	2	6	2009	2014	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	384421556
42	NC_017268	TC	3	6	2017	2022	0 %	50 %	0 %	50 %	384421556
43	NC_017268	AGA	2	6	2081	2086	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	384421556
44	NC_017268	ATT	2	6	2139	2144	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	384421556
45	NC_017268	TA	3	6	2175	2180	50 %	50 %	0 %	0 %	384421556
46	NC_017268	A	7	7	2182	2188	100 %	0 %	0 %	0 %	384421556
47	NC_017268	GCA	2	6	2300	2305	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	384421556
48	NC_017268	T	8	8	2313	2320	0 %	100 %	0 %	0 %	384421556
49	NC_017268	TCT	2	6	2337	2342	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	384421556
50	NC_017268	ATC	2	6	2389	2394	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	384421556
51	NC_017268	GTT	2	6	2453	2458	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	384421556
52	NC_017268	TTA	2	6	2485	2490	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	384421556
53	NC_017268	CAG	2	6	2496	2501	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	384421556
54	NC_017268	TTG	2	6	2505	2510	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	384421556
55	NC_017268	GAA	2	6	2562	2567	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	384421556
56	NC_017268	CTAT	2	8	2612	2619	25 %	50 %	0 %	25 %	384421556
57	NC_017268	GAA	2	6	2625	2630	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	384421556
58	NC_017268	AGG	2	6	2653	2658	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	384421556
59	NC_017268	CAT	2	6	2729	2734	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	384421556
60	NC_017268	AT	3	6	2819	2824	50 %	50 %	0 %	0 %	384421557
61	NC_017268	T	8	8	2837	2844	0 %	100 %	0 %	0 %	384421557
62	NC_017268	TGC	2	6	2895	2900	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	384421557
63	NC_017268	CG	3	6	2952	2957	0 %	0 %	50 %	50 %	384421557
64	NC_017268	CA	3	6	3004	3009	50 %	0 %	0 %	50 %	384421557
65	NC_017268	A	6	6	3033	3038	100 %	0 %	0 %	0 %	384421557
66	NC_017268	A	7	7	3058	3064	100 %	0 %	0 %	0 %	384421557
67	NC_017268	A	7	7	3072	3078	100 %	0 %	0 %	0 %	384421557
68	NC_017268	CAG	2	6	3087	3092	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	384421557
69	NC_017268	T	6	6	3109	3114	0 %	100 %	0 %	0 %	384421557
70	NC_017268	CTT	2	6	3159	3164	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	384421557
71	NC_017268	AACAAA	2	12	3231	3242	83.33 %	0 %	0 %	16.67 %	384421557
72	NC_017268	AG	3	6	3247	3252	50 %	0 %	50 %	0 %	384421557
73	NC_017268	TAT	2	6	3373	3378	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	384421557
74	NC_017268	CTC	2	6	3435	3440	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	384421557
75	NC_017268	GAG	2	6	3445	3450	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	384421557
76	NC_017268	GGTT	2	8	3587	3594	0 %	50 %	50 %	0 %	384421557
77	NC_017268	GAT	2	6	3667	3672	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	384421557
78	NC_017268	ATG	2	6	3712	3717	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	384421557
79	NC_017268	A	6	6	3788	3793	100 %	0 %	0 %	0 %	384421557
80	NC_017268	AAT	2	6	3830	3835	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	384421557
81	NC_017268	AT	3	6	3877	3882	50 %	50 %	0 %	0 %	384421558
82	NC_017268	GT	3	6	3929	3934	0 %	50 %	50 %	0 %	384421558
83	NC_017268	AAAG	2	8	4039	4046	75 %	0 %	25 %	0 %	384421558
84	NC_017268	CGT	2	6	4080	4085	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	384421558
85	NC_017268	GTAC	2	8	4104	4111	25 %	25 %	25 %	25 %	384421558
86	NC_017268	GAA	2	6	4141	4146	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	384421558
87	NC_017268	GAA	2	6	4247	4252	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	384421558
88	NC_017268	GAA	2	6	4394	4399	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	384421559
89	NC_017268	GGA	2	6	4558	4563	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	384421559
90	NC_017268	CGTC	2	8	4650	4657	0 %	25 %	25 %	50 %	384421559
91	NC_017268	TCAT	2	8	4707	4714	25 %	50 %	0 %	25 %	384421559
92	NC_017268	CGAAG	2	10	4771	4780	40 %	0 %	40 %	20 %	384421559
93	NC_017268	A	6	6	4816	4821	100 %	0 %	0 %	0 %	384421559
94	NC_017268	TTC	2	6	4875	4880	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	384421559
95	NC_017268	TCT	2	6	4897	4902	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	384421559
96	NC_017268	TTG	2	6	5121	5126	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	384421559
97	NC_017268	ATT	2	6	5174	5179	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	384421559
98	NC_017268	TAC	2	6	5206	5211	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	384421559
99	NC_017268	ACG	2	6	5277	5282	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	384421559
100	NC_017268	GTA	2	6	5345	5350	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	384421559
101	NC_017268	GTGC	2	8	5540	5547	0 %	25 %	50 %	25 %	384421559
102	NC_017268	ATC	2	6	5579	5584	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	384421559
103	NC_017268	TTTGAC	2	12	5642	5653	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	384421559
104	NC_017268	GCAGGC	2	12	5659	5670	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	384421559
105	NC_017268	TCT	2	6	5756	5761	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	384421559
106	NC_017268	GGA	2	6	5764	5769	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	384421559
107	NC_017268	TTAC	2	8	5771	5778	25 %	50 %	0 %	25 %	384421559
108	NC_017268	GTT	2	6	5801	5806	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	384421559
109	NC_017268	AAGA	2	8	5807	5814	75 %	0 %	25 %	0 %	384421559
110	NC_017268	GAT	2	6	5843	5848	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	384421559
111	NC_017268	AGA	2	6	5893	5898	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	384421559
112	NC_017268	GGA	2	6	5990	5995	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	384421559
113	NC_017268	GGC	2	6	6019	6024	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	384421559
114	NC_017268	TTA	2	6	6033	6038	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	384421559
115	NC_017268	GGGC	2	8	6092	6099	0 %	0 %	75 %	25 %	384421559
116	NC_017268	GACG	2	8	6181	6188	25 %	0 %	50 %	25 %	384421559
117	NC_017268	GA	3	6	6214	6219	50 %	0 %	50 %	0 %	384421559
118	NC_017268	TAA	2	6	6226	6231	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	384421559
119	NC_017268	ACT	2	6	6278	6283	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	384421559
120	NC_017268	CG	3	6	6306	6311	0 %	0 %	50 %	50 %	384421559
121	NC_017268	TAT	2	6	6313	6318	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	384421559
122	NC_017268	TTA	2	6	6390	6395	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	384421559
123	NC_017268	GAGG	2	8	6427	6434	25 %	0 %	75 %	0 %	384421559
124	NC_017268	AAC	2	6	6522	6527	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	384421559
125	NC_017268	AGA	2	6	6615	6620	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	384421559
126	NC_017268	AC	3	6	6624	6629	50 %	0 %	0 %	50 %	384421559
127	NC_017268	GTGTAT	2	12	6685	6696	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	384421559
128	NC_017268	GT	3	6	6728	6733	0 %	50 %	50 %	0 %	384421559
129	NC_017268	GTG	2	6	6753	6758	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	384421559
130	NC_017268	GCGT	2	8	6765	6772	0 %	25 %	50 %	25 %	384421559
131	NC_017268	GT	3	6	6771	6776	0 %	50 %	50 %	0 %	384421559
132	NC_017268	TAG	3	9	6798	6806	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	384421559
133	NC_017268	TGT	2	6	6873	6878	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	384421560
134	NC_017268	GAG	2	6	6936	6941	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	384421560
135	NC_017268	GGA	2	6	6966	6971	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	384421560
136	NC_017268	T	6	6	7076	7081	0 %	100 %	0 %	0 %	384421561
137	NC_017268	AGTT	2	8	7082	7089	25 %	50 %	25 %	0 %	384421561
138	NC_017268	GGA	2	6	7135	7140	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	384421561
139	NC_017268	CTT	2	6	7141	7146	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	384421561
140	NC_017268	ATCGG	2	10	7147	7156	20 %	20 %	40 %	20 %	384421561
141	NC_017268	GAT	2	6	7188	7193	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	384421561
142	NC_017268	TTAC	2	8	7267	7274	25 %	50 %	0 %	25 %	384421561
143	NC_017268	TTGC	2	8	7317	7324	0 %	50 %	25 %	25 %	384421561
144	NC_017268	TGC	2	6	7462	7467	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	384421561
145	NC_017268	GTCA	2	8	7488	7495	25 %	25 %	25 %	25 %	384421561
146	NC_017268	ACT	2	6	7498	7503	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	384421561
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148	NC_017268	TGA	2	6	7618	7623	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	384421561
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152	NC_017268	TCA	2	6	7801	7806	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	384421561
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154	NC_017268	GA	3	6	7912	7917	50 %	0 %	50 %	0 %	384421561
155	NC_017268	TTAAAT	2	12	7965	7976	50 %	50 %	0 %	0 %	384421561
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161	NC_017268	AT	4	8	8573	8580	50 %	50 %	0 %	0 %	384421562
162	NC_017268	CG	3	6	8707	8712	0 %	0 %	50 %	50 %	384421562
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169	NC_017268	GCA	2	6	8951	8956	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	384421562
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173	NC_017268	CCGT	2	8	9126	9133	0 %	25 %	25 %	50 %	384421562
174	NC_017268	TCT	2	6	9147	9152	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	384421562
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259	NC_017268	GTTT	2	8	13597	13604	0 %	75 %	25 %	0 %	384421567
260	NC_017268	TCT	2	6	13643	13648	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	384421567
261	NC_017268	GAAG	2	8	13655	13662	50 %	0 %	50 %	0 %	384421567
262	NC_017268	ACAT	2	8	13690	13697	50 %	25 %	0 %	25 %	384421567
263	NC_017268	GTC	2	6	13768	13773	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	384421567
264	NC_017268	T	7	7	13932	13938	0 %	100 %	0 %	0 %	384421568
265	NC_017268	GTT	2	6	13995	14000	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	384421568
266	NC_017268	T	6	6	13999	14004	0 %	100 %	0 %	0 %	384421568
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268	NC_017268	CGA	2	6	14025	14030	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	384421568
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